保護區處于海洋，河流，陸地，島嶼的交匯地帶，生物多樣性極為復雜與獨特，盡管灘涂植被比較簡單，主要有蘆葦，藨草和海三菱藨草組成，但由于生產量大，在灘涂淤積中起著舉足輕重的作用，并為其他生物創造了良好的生存環境，同時養育著上海地區70％－80％的物種。目前，崇明東灘已記錄到的鳥類有17目50科290種。列入《中國瀕危動物紅皮書》的鳥類20種；列入中日、中澳政府間候鳥及其棲息地保護協定的鳥類分別為156種和54種；超過世界種群數量1％的涉禽種類至少有12種。每年在崇明東灘過境中轉和越冬的水鳥總量逾百萬只，其中國家一級保護的鳥類有東方白鸛、黑鸛、白頭鶴、白尾海雕4種；國家二級保護動物35種，如黑臉琵鷺，小天鵝，灰鶴，鴛鴦，小杓鷸，小青腳鷸等。在崇明東灘主要有四種類型的鳥群，它們分別是鸻鷸類，雁鴨類，鶴類群和鷗類群。
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