該廟南北寬59米，東西長84米，兩進院布局。遒勁有力的“三皇廟”額匾鑲嵌于始建山門的門額上。中軸線建有樂樓、三皇殿。頭院南建碑廊一處，北角設掖門，為一、二進院出入通道。兩進院自然地平落差較大，故掖門前設踏步緩解。二進院三皇正殿座西向東，殿內正面供奉太昊伏羲、神農炎帝、軒轅黃帝，兩側配祀古代十大名醫，南北山墻繪有與名醫有關的故事。壁畫色彩明艷，線條清晰，兩側耳殿左供財神，右奉牛馬王。正殿門額上高懸木刻“三皇廟”豎匾一塊，為明嘉靖進士四川按察使邑人梁明翰贈。丹墀下古松參天，旗桿懸斗分豎正殿左右。南北兩側廡廊各一排，現制鐘鼓分置其中。
大殿對面是明清以來幾經重建的樂樓，做工考究，雕刻華麗，高懸民國八年所刻額匾一塊。-凸體金字“海市蜃樓”，由晚清書法名家秦龍光所書。樂樓天花板彩繪梁山好漢一百零八將，神彩各異，栩栩如生。前后臺間，鑲嵌彩繪大塊玻璃為整座戲臺增添光彩，時有“玻璃戲臺”的美譽，曾形成邑內外“為看戲臺而看戲”的時尚。
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